蛋白质的分类依据其化学组成、形状及功能，在营养学中也常按营养价值分类。

　　1．按化学组成分类

　　首先根据蛋白质的化学组成，将蛋白质分为简单蛋白质和结合蛋白质；然后再按其形状和溶解度分成各类蛋白质。

　　（1）简单蛋白质

　　简单蛋白质只由氨基酸组成，其水解的最终产物只是氨基酸。如胰岛素、乳清蛋白、血清蛋白、免疫球蛋白等。

　　简单蛋白质又可按其溶解度、受热凝固性及盐析等物理性质的不同分为清蛋白、球蛋白、谷蛋白、醇溶谷蛋白、鱼精蛋白、组蛋白和硬蛋白等七类。

　　（2）结合蛋白质

　　结合蛋白质是由简单蛋白质与非蛋白质部分结合而成，非蛋白质部分称为辅基。结合蛋白质彻底水解后，除产生氨基酸外，上又所含的辅基。如：血红蛋白是由珠蛋白（一种简单蛋白质）与辅基血红素结合而成的；细胞中所含的核蛋白是由一种简单蛋白质与辅基核酸结合而成的；唾液中所含的粘蛋白是由一种简单蛋白质与辅基粘多糖结合而成的。

　　按辅基不同，结合蛋白质分为在；核蛋白、糖蛋白、脂蛋白、磷蛋白、色蛋白等五类。

　　2．按蛋白质形状分类

　　按蛋白质形状，蛋白质分为纤维状蛋白质和球状蛋白质。

　　（1）纤维状蛋白质

　　纤维状蛋白质对称性差，分子类似细棒或纤维。

　　多为结构蛋白，是组织结构不可缺少的蛋白质，由长的氨基酸肽链连接成为纤维状或蜷曲成盘状结构，成为各种组织的支柱，如皮肤、肌腱、软骨及骨组织中的胶原蛋白。

　　（2）球状蛋白质

　　球状蛋白质分子对称性佳，外形接近球状或椭球状。

　　大多数蛋白质属于这一类，在细胞内通常承担动态的功能，许多具有生理活性的蛋白质，如酶、转运蛋白、蛋白类激素、免疫球蛋白、补体等均属于球蛋白。

　　3．按蛋白质功能分类

　　依据蛋白质的生物学功能，把蛋白质分为酶、运输蛋白质、营养和贮存蛋白质、收缩蛋白质、结构蛋白质、防御蛋白质。

　　4．按蛋白质的营养价值分类

　　食物蛋白质的营养价值取决于所含必需氨基酸的种类、数量及构成比例，据此可将蛋白质分为三类：

　　（1）完全蛋白

　　蛋白质中必需氨基酸种类齐全、数量充足、比例适当，这类蛋白质既可保证人体的的正常需要，也能促进儿童的生长发育，是优质蛋白质，奶、蛋、鱼、肉中的蛋白质都属于完全蛋白质。

　　（2）半完全蛋白

　　蛋白质中必需氨基酸虽然种类比较齐全，但其中某些氨基酸的数量不能满足人体的需要，比例不适当，这类蛋白质只能维持生命，不能促进儿童的生长发育。例如，小麦中的麦胶蛋白便是半完全蛋白质，含赖氨酸很少。

　　（3）不完全蛋白

　　蛋白质组成中必需氨基酸种类不全，这类蛋白质既不能促进儿童的生长发育，也不能维持生命。例如，肉皮中的胶原蛋白便是不完全蛋白质。

　　总的来说，动物性食物中的蛋白质多数为完全蛋白质，而植物性食物中的蛋白质多数为不完全蛋白质。这与进化过程中，动物与人的亲缘关系较植物密切有关。